Lo principal es hacer un mantenimiento continuado de la base de datos:

- Utilizar sólo las tablas necesarias (según los módulos instalados y activados)
- Eliminar los registros que no sirven, obsoletos o incorrectos (mensajes duplicados o erroneos en los foros, datos de las estadísticas, etc.)
- Revisar las consultas 'query' duplicadas o innecesarias: Es muy frecuente encontrar consultas duplicadas o incorrectas dentro de phpnuke, especialmente dentro de nuevos módulos o bloques instalados, que pueden duplicar la carga de trabajo de mysql o provocar errores en el funcionamiento. (Esta suele ser la principal causa de saturación de una web).
- Optimizar las tablas: Podemos hacerlo desde PhpNuke (menú administrador) o desde PhpMyAdmin (menú principal-seleccionar todas las tablas-optimizar).

Si realizamos estas acciones periódicamente (una vez cada 15 días o cada mes) podemos reducir el tamaño de nuestra bbdd entre un 5 y un 10% en cada ocasión. Todo dependerá de la buena programación de los módulos, del volumen de registros modificados o añadidos y de la periodicidad del mantenimiento.