Lo primero que vemos al acceder a nuestro dominio mediante una cuenta ftp es el contenido de la raiz del usuario o dominio. En la raiz del dominio encontraremos algunas carpetas del sistema con diferentes utilidades:

/www/dominio/: directorio público accesible desde internet. Este es el lugar donde debemos colocar los archivos de la página web. Si dispone de varios www-domains gestionados por el mismo usuario, verá que existen varias subcarpetas dentro de /www/ con los nombres de sus dominios.
/logs/: almacena los registros logs de accesos (access.log), errores (error.log) y utilización del ftp (ftp.log). Estos archivos son del sistema y se utilizan para generar estadísticas por parte de Webalizer. No deben manipularse, aunque es muy recomendable consultarlos con frecuencia para detectar errores, intentos de accesos no autorizados, etc.
/cgi-bin/: para instalar scripts y ejecutarlos en modo 'suexec' (administrador del dominio).
/tmp/: guarda algunos procesos temporales que se hayan podido bloquear mientras se estaban ejecutando (php o mysql...u otras aplicaciones).
/webstat/: guarda las páginas html de las estadísticas generadas por Webalizer para cada dominio.
/users/: aquí se aloja la estructura de archivos de los usuarios ftp que creamos en nuestro dominio (http://www.dominio.com/~usuario) y también los archivos openwebmail correspondientes a cada usuario.
/email/: aquí se aloja la estructura de archivos de los buzones de correo IMAP que creamos en nuestro dominio.


Muy importante: No elimine bajo ningún concepto las carpetas o archivos del sistema ftp. Si detecta alguna anomalía fuera de la carpeta pública htdocs, avise al departamento de soporte para que nuestros técnicos la revisen.

Nota: Cualquier archivo o directorio alojado fuera de la carpeta pública 'www' no será accesible directamente desde internet, pero si será accesible para nosotros desde FTP, por lo que el acceso a la raiz se puede usar para alojar contenidos privados.